La logica formale ha fatto deragliare il pensiero razionale in una serie di contraddizioni, la più importante di tutte è la contraddizione tra rigore logico e fecondità produttiva.
Nel sillogismo il pensiero è rigorosamente coerente soltanto se si mantiene nella ripetizione degli stessi termini. Però è altrettanto noto che quel che permette di passare dai fatti alle leggi non è l’induzione rigorosa. Ogni fatto, ogni costatazione sperimentale introduce nel pensiero un elemento nuovo, dunque non necessario dal punto di vista del formalismo logico.

La logica e la filosofia restano al di fuori della scienza, ovvero la seguono per constatarne i metodi specifici, senza recar loro alcun contributo. Reciprocamente, le scienze stanno fuori – al di sotto e al di sopra di esse – e i loro metodi di ricerca nulla hanno a che vedere con la logica rigorosa
Lo scienziato dimostra il movimento del pensiero progredendo nella conoscenza; ma il filosofo si vendica mettendo in discussione il valore della scienza.

In secondo luogo, se l’essere è ciò che è e mai altro, se ogni idea è assolutamente vera o assolutamente falsa, le contraddizioni reali dell’esistenza e del pensiero vengono escluse dal dominio del pensiero. Ciò che nelle cose e nella coscienza è mobile e diverso resta abbandonato alla dialettica, intesa nella vecchia e impropria accezione del termine, ovvero, come discussione senza rigore, propria del sofista e dell’avvocato libero di sostenere a pacer suo il pro e il contro.

Il pensiero, una volta definito dall’identità, viene contemporaneamente consegnato all’immobilità. Si pone così la contraddizione tra la struttura rigida dell’intelletto e la mobilità del reale, tra il pensiero chiaro e solido e le forze mutevoli dell’esperienza reale. La logica diventa qualcosa di fittizio, diventa pensiero puro e di contro il reale appare impuro, viene spinto nell’irrazionale rimane in balia di esso.

Quando Hegel entrò nella vita filosofico, trovò il pensiero più elaborato, la Ragione, intesa in termini kantiani, profondamente dilaniata da questi conflitti interni. Il dualismo kantiano li aveva accentuati sino a renderli intollerabili, dissociando deliberatamente forma e contenuto.: il pensiero su ciò che ci appare e la cosa in sé; la facoltà di conoscere e l’oggetto della nostra conoscenza.

Hegel si propose di risolvere i conflitti tra elementi che gli giungevano disgiunti e opposti e di riaffermarli nel loro processo . Questo proposito già racchiudeva il metodo e l’idea centrale della dottrina hegeliana, la coscienza di una unità infinitamente più ricca di pensiero e reale, di forma e contenuto.

Per Hegel sussiste un’unità necessaria, implicita nei conflitti interni del pensiero che è necessario conquistare e definire superando i termini unilaterali che sono entrati in conflitto tra loro, perché ogni conflitto è un rapporto.
Divenne necessario anzitutto reintegrare nel pensiero rigoroso l’arte della discussione e della controversia: la discussione è incerta e inconcludente, quando non è diretta da un pensiero già sicuro di sé; la discussione è libera e viva, si muove tra tesi e antitesi, ovvero tra termini diversi, mutevoli e opposti.